《天然》杂志教你如何用软件办理参阅文献

  有了数字参阅办理东西，被掩埋的常识和被发现之间只要一个要害词查找的间隔。

  Adam Rocker并未盼望办理其数字参阅图书馆的软件能提出展开研讨的更好办法。不过，他的电子文件归档体系ReadCube会定时扫描图书馆，并引荐一些相关论文。这和一些音乐文件办理程序会着重所引荐的曲目较为相似。Rocker说，这一功用带来了一些出人意料的收成。

  Rocker是一名研讨生，现在在加拿大渥太华大学学习医学。他曾研讨过斑马鱼的细菌感染。其时，ReadCube引荐了一篇运用微流体诱捕斑马鱼的论文。这比他自己的办法要简略许多，但Rocker一般不会阅览微流体范畴的文献。他说，被提示注意到这项研讨“真的很有帮忙”，虽然终究因过分寄希望于自己的项目而未选用这种代替办法。

  正如Rocker所发现的，今日的文献办理东西现已超出简略的电子归档。现在，每个东西经过供给一系列不断演进的额定功用吸引着顾客，就像瑞士军刀相同。

  日前，《天然》杂志聚焦了8种东西：Colwiz、EndNote、F1000Workspace、Mendeley、Papers、Read Cube、RefME和Zotero。它们均参加了文献办理商场的竞赛，一些在简化阅览进程和树立文献图书馆方面表现出色，而其他东西专心于创立文献目录，经过同享作业空间的运用帮忙协作，或许引荐论文。

  每种东西的存在都是为帮忙研讨人员“征服”被下载得杂七杂八且涣散的PDF。大多数科学家会触及这样的一个问题：在他们从期刊网站一般指定隐晦的字母数字代码为文件名抓取到PDF并将其许多转储就任何便利的文件夹中时，跟着文件的多个复制遍及硬盘，紊乱便会很快出现。

  “在科学界，或许至少从我的经历来说，咱们往往终究在桌面上会有这样一个文件夹：它的里边充满着3000个姓名真的很怪异的PDF文档。”西班牙巴塞罗那Bellvitge生物医学研讨所神经学家Ral Delgado-Morales表明。

  文件办理东西经过为硬盘树立索引处理了这一困扰。一般，将一个PDF拖动并放入运用窗口的进程，会触发软件测验运用数字目标仅有标识符（DOI）或标题对其进行辨认，而且从在线服务器上检索相关元数据，比方标题、要害词或作者姓名。

  研讨人员还可指使软件监控寄存文档的特定文件夹。随后，他们能经过简略地查找作者姓名、要害词，或在一些景象下查找自己的标示寻觅PDF。比方，Delgado-Morales运用Papers安排他的文献图书馆处理了这一问题。Papers是一款依照每个用户挑选的任何方案自动重新命名文档的运用程序。其他东西也供给相似功用，除了RefME。RefME是一款网站和手机运用程序，仅贮存参阅资料列表而非PDF自身。

  大多数东西能帮忙研讨人员输入来自多种在线资源的文献。许多供给在运用程序内查找比方PubMed和谷歌学术等外部数据库，以及能从期刊网站和其他网页上抓取文献数据的阅览器插件。

  美国弗吉尼亚州乔治梅森大学Zotero项目担任人Sean Takats介绍说，成立于10年前的Zotero是一个免费的开源软件项目，专门用于处理从网页阅览器中提取信息的问题。“这是Zotero的要害功用，而且是同其他文献办理东西比较最强壮的功用之一。”RefME则运用智能手机的相机扫描条形码，供给不同寻常的参阅文献选项。

  参阅文献办理软件最著名的功用之一是在一篇研讨论文中刺进文内引证，并以任何方式创立文献目录。被遍及的运用的商业软件包EndNote供给这一功用已有数十年，但现在面临着来自许多现代东西的竞赛。

  许多东西能同常见的文字处理软件交互，因而输入一篇研讨文章的用户只须挑选他们想提及的论文然后点击按钮让代码刺进文档中，即可符号文本内引证。随后，用户能依据上千种期刊的风格，从下拉清单中选中选项，创立文献目录和文内引证。

  大多数东西包含用于阅览并为文章作注解的内置PDF阅览器一般答应用户查找谈论和注解，以及依据云端的在iPad和台式电脑之间同步这些谈论和PDF的才干。例如，在ReadCube中，PDF里的文中引证和作者姓名能出现为自动超链，供给直接获取被引证文章和宣布目录的途径。当在协作出版商的网站上检查并为PDF作注释时，相同的功用也是可用的。

  在这些东西中，许多能辨认同图书馆中特定条目相关的文章，或许依据图书馆全体内容引荐文章。和ReadCube相似，F1000Workspace运用一种算法完结此项功用。它还会运用约1000位专家所作的引荐。不过，许多单机软件产品也能引荐论文。

  现在，许多东西答应研讨人员设置群组图书馆，或同长途协作者同享重要论文，虽然这一进程被慎重办理着，以防侵略出版商的版权。比方，Mendeley公共群组中的人仅能同享关于一篇论文的信息，这相当于图书馆目录的一个进口。只要私家群组中的用户能同享并修正PDF，而群组有必要升级到一个付费账户，才干增加超越3个人。

  明尼苏达大学安排心理学博士生Brenton Wiernik运用Zotero的同享图书馆完结触及该范畴中文献体系性回忆和元剖析的协作项目。他介绍说，此类作业或许牵涉到15～20人：一些人把文章下载到同享图书馆中；其他人阅览它们；当然，更多人担任增加注释和标签，而且记载要害数据。

  依据Wiernik的介绍，这一进程和运用同享的云存储文件夹相似，而额定的优点是Zotero能追寻并保存元数据、笔记和注释。比方，研讨人员可运用专用符号指示他们正在处理一篇文章，以此告知协作者应当处理不同文章，以防止重复作业。

  F1000Workspace和colwiz均能将同享功用扩展到预备草稿和办理项目上。F1000Workspace公司产品研发司理Joao Peres介绍说，经过该东西，研讨人员能运用插件将微软Word草稿上传到一个安全方位，从而使小组成员对同享的复制进行谈论，虽然文本无法在阅览器中被修改。Peres方案实即将论文直接从F1000Workspace发送给期刊修改的“一键”文章提交功用，而这会从F1000Research期刊开端。colwiz还答应用户将文件同享到一个在线驱动器，以供小组成员检查和谈论。

  考虑到这些东西高度堆叠的功用，用户的挑选一般归结于特定的个人偏好。比方，加州桑迪亚国家实验室资料学家Richard Karnesky因开源精力而支撑Zotero。

  或许，运用文献办理东西的最好原因首要在于此项技能能供给一种可查找回忆的方式。礼来公司资深研讨科学家Boyd Steere表明，幻想一张堆满了打印出来的论文的桌子。而现在，充满着PDF的电子文件夹在许多方面相同不容易控制。不过，有了数字参阅办理东西，被掩埋的常识和被发现之间只要一个要害词查找的间隔。（宗华）